Akreditasi adalah proses evaluasi dan penilaian mutu institusi atau program studi yang dilakukan oleh suatu tim pakar sejawat (tim asesor) berdasarkan standar mutu yang telah ditetapkan atas pengarahan suatu badan atau lembaga mandiri di luar institusi atau program studi yang bersangkutan. Sebagai salah satu bagian dari FK UNUD/ RSUP Sanglah, program studi ilmu penyakit dalam FK UNUD/RSUP Sanglah melakukan proses akreditasi yang dilakukan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan tujuan memberikan jaminan bahwa program studi ilmu penyakit dalam FK UNUD telah memenuhi standar mutu yang ditetapkan. Selain itu mendorong program studi untuk terus melakukan perbaikan dan mempertahankan mutu pendidikan yang tinggi. Kegiatan yang diketuai oleh kepala program studi ini memiliki rangkaian yang sudah dimulai pertengahan tahun 2014, yang diikuti kegiatan ujicoba akreditasi bulan Oktober 2014 dengan mendatangkan asesor. Hasil dari kegiatan uji coba ini memberikan gambaran ada beberapa aspek yang perlu dikoreksi dan pada Agustus tahun 2015 ini program studi ilmu penyakit dalam FK UNUD/RSUP Sanglah mengirim berkas ke BAN-PT.

Standar akreditasi program studi mencakup standar tentang komitmen program studi terhadap kapasitas institusional dan komitmen terhadap efektifitas program pendidikan, yang dikemas dalam tujuh standar akreditasi, yaitu standar 1 (visi, misi, tujuan dan sasaran serta strategi pencapaian), standar 2 (tata pamong, kepemimpinan, sistem penelolaan dan penjaminan mutu), standar 3 (peserta didik dan lulusan), standar 4 (sumber daya manusia), standar 5( kurikulum, pembelajaran dan suasana akademik), standar 6 (pembiayaan, sarana dan prasarana serta sistem informasi), dan standar 7(penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan kerjasama)