Publikasi ilmiah merupakan hal mutlak yang wajib diketahui para akademisi. Publikasi ini bertujuan untuk menyebarluaskan pengetahuan yang telah didapat, baik itu dari hasil penelitian yang telah dilakukan, laporan dari suatu kasus yang memiliki karakteristik menarik, tinjauan kepustakaan dengan topik yang terbaru, maupun yang lainnya. Sistem publikasi yang baik dilakukan berdasarkan peer review. Sistem peer review ini dilakukan dengan tujuan mencapai tingkat objektivitas setinggi mungkin.

Jurnal Penyakit Dalam Udayana (Udayana Journal of Internal Medicine) merupakan salah satu wadah publikasi ilmiah. Jurnal ini dipublikasikan oleh PAPDI Cabang Bali bekerja sama dengan Universitas Udayana. Jurnal Penyakit Dalam Udayana bersifat open access, yang berarti bahwa artikel-artikel yang terbit dapat diakses oleh seluruh khalayak. Jurnal ini memiliki nomor Print ISSN 2580-2925 dan Online ISSN 2580-2933, menggunakan sistem peer review. Adapun anggota editorial Jurnal Penyakit Dalam Udayana terdiri dari Profesor-Profesor, dokter spesialis konsultan maupun dokter spesialis penyakit dalam yang berasal dari Universitas Udayana/Rumah Sakit Umum Pusat Sanglah, maupun Profesor atau Associate Profesor atau dokter dari luar negeri seperti Jepang, Malaysia, maupun Australia.

Sistem publikasi pada jurnal ini berbasis online secara penuh, menggunakan Open Journal System (OJS). Penulis diwajibkan membuat karya ilmiah dalam format yang telah ditentukan (dapat dilihat pada bagian Author Guideline di halaman website jurnal, yaitu jpdunud.org). Selanjutnya penulis perlu untuk membuat akun di website jpdunud.org. Setelah membuat akun, penulis akan ter-log in pada sistem. Penulis selanjutnya memasukkan data-data karya ilmiah yang diperlukan, kemudian mengupload karya ilmiah. Penulis selanjutnya menunggu proses review yang dilakukan oleh reviewer dan editor jurnal. Bila sudah selesai, maka penulis akan diinformasikan bahwa proses review sudah selesai, disertai keputusan apakah jurnal perlu direvisi, diterima, ataupun ditolak. Bila keputusan yang didapat adalah revisi, maka penulis memperbaiki karya ilmiah sesuai instruksi dari reviewer dan editor tersebut. Selanjutnya karya yang sudah diperbaiki disubmit kembali dan akan dinilai kembali.

Saat ini Jurnal Penyakit Dalam Udayana (Udayana Journal of Internal Medicine) terindeks di Google Scholar, Portal Garuda, PKP Index, dan International Standard Serial Number. Hal ini menunjang para akademisi untuk mempublikasikan karya ilmiahnya di Jurnal Penyakit Dalam Udayana (Udayana Journal of Internal Medicine). Informasi lebih lanjut beserta author guideline dapat dilihat pada website: jpdunud.org.